Этот плагин староват, конечно.
По сути возможно дело в ключах. 
Наверное те таблицы, что он пытается создать в базе сделаны для InnoDB  с примари и секондари ключами.
А у Вас MyISAM наверно, поэтому и такой результат. 
В принципе можно просто открыть файл struct.sql плагина, заменить все InnoDB на MyISAM, и ставить плагин.