Удалите ненужную базу и всё.
А в общем если ставить с нуля, можно и Cpanel установщиком вполне.
Можно стандартно вручную, базу данных создать новую ( если база уже есть, можно и её использовать, удалив в ней все таблицы вначале).
И потом домен открыть в браузере и устанавливать. Я вообще никогда сам не сталкивался с проблемой установки, всегда всё как по маслу.
Видимо Вы с базами намудрили и вся история как бы.